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干貨 | 人類代謝數(shù)據(jù)庫（HMDB）使用指南來啦！
人類代謝數(shù)據(jù)庫（HMDB，https://hmdb.ca）是最大、最全面的生物體特異性代謝數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫包含或鏈接了三種數(shù)據(jù)：化學數(shù)據(jù)、臨床數(shù)據(jù)和分子生物學/生物化學數(shù)據(jù)。目前，該數(shù)據(jù)庫包含220945個代謝物條目，包括水溶性和脂溶性代謝物。此外，還包含了8610個和這些代謝條目有關的蛋白質序列（酶和轉運蛋白）。
每個代謝物條目里包含物質的分子量、結構、分子式、分類、生物學作用、生理濃度、組織位置、疾病和遺傳關聯(lián)、化學和酶促反應、代謝途徑和參考圖譜等信息。還有超鏈接能夠連接到其它數(shù)據(jù)庫，包括KEGG、PubChem、MetaCyc和ChEBI等。
為了滿足代謝組學研究中不斷變化的需求，自2007年首次發(fā)布以來，HMDB一直在快速地擴大和更新，如今已更新到5.0版本。
HMDB數(shù)據(jù)庫也是我們鹿明用于LC-MS非靶代謝組學物質鑒定的主要公共數(shù)據(jù)庫之一，也是代謝物信息查詢最重要的數(shù)據(jù)庫之一。如何使用HMDB數(shù)據(jù)庫？重要的信息有哪些？跟著小編一起學習下吧~
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根據(jù)報告，在HMDB數(shù)據(jù)庫上查找物質信息
拿到代謝組學數(shù)據(jù)結果后，老師們若想了解代謝物的更多信息，可以通過HMDB數(shù)據(jù)庫查詢，包括一些分子式、分子量、CAS號、物質分類等信息。具體操作如下：
1. 首先從項目報告中數(shù)據(jù)矩陣找到代謝物的Compound ID（以HMDB開頭的為HMDB數(shù)據(jù)庫的代謝物號）；
2. 然后將該ID號輸入到HMDB網(wǎng)站的問詢欄中，就會出現(xiàn)該物質的相關信息。
以Xanthosine（HMDB0000299）為例：
（1）首先可以獲取基本信息：代謝物名稱、描述、結構式、分子式、分子量、CAS號等，其中代謝物描述可以重點看下，有助于進一步了解代謝物信息；
（2）然后是代謝物的分類，HMDB對代謝物做了比較詳細的分析，可幫助我們進一步對重要代謝物生物學意義進行解析；
（3）HMDB提供了非常全的其他數(shù)據(jù)庫鏈接，可幫助我們非常方便的訪問該代謝物在其他數(shù)據(jù)庫的信息；
（4）提供代謝物在人體中存在的位置、內源/外源，如果是外源物質，還提供了具體來源與哪些物種；
（5）提供了代謝物在人體不同類型樣品中的含量信息，基于已發(fā)表的文獻獲取信息；
（6）其他：疾病信息，不夠全和新，建議以文獻調研結果為準；
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HMDB數(shù)據(jù)庫其它功能介紹
1. Browse
用戶可以從Browse的下拉菜單中，根據(jù)代謝物、疾病、通路、生物樣本、分類、蛋白和反應等信息查找代謝物，或是根據(jù)和BMI、年齡和性別等相關查找。
2. Search
老師們在Search欄里可以對目標數(shù)據(jù)進行搜索，例如一些文本信息、基因和蛋白序列、質譜和NMR的譜圖等。只需要點進相應的選項，輸入數(shù)據(jù)。
3、Downloads
老師可以根據(jù)需求，下載相應的庫。可以下載總庫，也可以根據(jù)尿液、血清、唾液、腦脊液、糞便、汗液不同樣品來源下載庫。
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文末看點｜lumingbio
上海鹿明生物科技有限公司多年來，一直專注于生命科學和生命技術領域，是國內早期開展以蛋白組學和代謝組學為基礎的多層組學整合實驗與分析的團隊。目前在多層組學研究已經有了成熟的技術方法，歡迎各位老師前來咨詢哦~
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