(一)辦公室
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開等工作。
(二)人事處
承擔機關和直屬單位的人事、機構編制工作；承擔全省環境保護系統領導干部雙重管理的有關工作；承擔全省環境保護行政體制改革的有關工作。
(三)政策法規處
擬訂全省環境保護政策；承擔涉及環境保護的其他政策的制訂工作；貫徹執行國家環境保護法律、法規，起草省級環境保護方面的地方性法規和政府規章草案；承擔機關有關規范性文件的合法性審核工作；承擔機關行政復議、行政應訴等工作；指導和監督環境保護依法行政工作。
(四)規劃財務處
組織編制環境保護功能區劃、環境保護規劃；協調、審核環境保護專項規劃；承擔機關、直屬單位的財務、國有資產管理、內部審計工作。
(五)污染物排放總量控制處
擬訂主要污染物排放總量控制和排污許可證制度并組織實施；提出總量控制計劃；考核總量減排情況；承擔全省環境統計和污染源普查工作。
(六)污染防治處
擬訂和組織實施水體、大氣、土壤、噪聲、光、惡臭、機動車的污染防治法規和規章； 組織實施城鄉工業污染源的污染防治和飲用水源的保護；組織實施排污申報登記、跨流域、跨區域環境質量考核等環境管理制度；組織實施城市環境綜合整治定量考核制度；組織擬訂有關污染防治規劃并對實施情況進行監督；指導、協調創建環境保護模范城市和環境保護基礎設施建設。
(七)科技標準處
承擔環境保護科技工作；承擔全省環境標準、技術規范的擬訂工作；承擔省級環境科技成果的鑒定、交流與推廣工作；參與指導和推動循環經濟與環保產業發展。
(八)環境影響評價處
承擔規劃環境影響評價、政策環境影響評價、項目環境影響評價工作；監督檢查環境影響評價機構；對超過污染物總量控制指標、生態破壞嚴重或者尚未完成生態恢復任務的地區，承擔暫停審批除污染減排和生態恢復項目外所有建設項目的環境影響評價文件的工作。組織實施建設項目環境保護“三同時”制度。
(九)環境監測處(應急辦公室)　
組織開展環境監測；調查評估全省環境質量狀況并進行預測預警；承擔省級環境監測網和全省環境信息網的管理工作。擬訂全省突發環境事件和生態破壞事件的應急預案工作，承擔全省重特大突發環境事件的應急、預警工作。
(十)自然生態保護處　
組織編制生態保護和農村環境保護規劃；提出新建的各類省級自然保護區審批建議，對省級自然保護區的保護工作進行監督；組織開展生物多樣性保護、生物遺傳資源、農村生態環境保護工作；開展全省生態狀況評估；指導生態示范創建與生態農業建設；承擔特殊自然生態區域保護法規的組織實施。
(十一)輻射安全管理處(核安全管理處)　承擔核安全、輻射安全、放射性廢物管理工作。承擔核事故、輻射環境事故應急工作；對核設施安全、放射源安全和電磁輻射、核技術應用、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治實行監督管理；對核材料的管制和民用核安全設備的設計、制造、安裝和無損檢驗活動實施監督管理。承擔省核安全局日常工作。
(十二)固體廢物管理處　　承擔固體廢物、醫療廢物、危險廢物、化學品等的監督管理工作。擬訂本省關于固體廢物、醫療廢物、危險廢物、化學品管理的實施辦法并組織實施。參與醫療廢物、危險廢物處置廠的建設規劃，負責醫療廢物、危險廢物處置廠的監督管理。組織實施危險廢物經營許可證的審批及監督管理。
(十三)宣傳教育處　研究擬訂并組織實施環境保護宣傳教育綱要；組織開展生態文明建設和環境友好型社會建設的宣傳教育工作；承擔廳新聞審核和發布工作。承擔環境保護教育培訓工作。
(十四)機關黨委
負責機關和直屬單位的黨群工作。
(十五)離退休人員服務管理處
負責機關離退休人員的服務管理工作，指導直屬單位離退休人員的服務管理工作。
(十六)紀檢組、監察室 按有關規定設置。