ceRNA分析項目

ceRNA(competing endogenous RNA，競爭性內(nèi)源RNA)能與其它RNA轉(zhuǎn)錄本競爭相同的microRNA，從而實(shí)現(xiàn)相互間的交流與調(diào)節(jié)，包括蛋白編碼基因、假基因和長鏈非編碼RNA。
ceRNA假說是基于近期一系列關(guān)于RNA轉(zhuǎn)錄本之間相互對話的研究而提出的。microRNA是長短約22nt的短鏈RNA，能夠通過抑制目的基因的翻譯或降解目的基因，從而反向調(diào)節(jié)目的基因的表達(dá)。ceRNA假說認(rèn)為ceRNA通過與mRNA競爭相同的microRNA反應(yīng)元件（MREs）從而調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)。不管是否編碼蛋白，對于RNA轉(zhuǎn)錄本來說，彼此都能競爭與microRNA的結(jié)合，互相調(diào)節(jié)，從而構(gòu)成龐大的ceRNA網(wǎng)絡(luò)（ceRNETs）。

用途

利用miRNA芯片數(shù)據(jù)，lncRNA/circRNA芯片數(shù)據(jù)，結(jié)合miRNA靶基因預(yù)測軟件
尋找mRNA與lncRNA共同靶向的miRNA，構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò)

前置分析條件

需要提供miRNA表達(dá)數(shù)據(jù)，lncRNA/circRNA表達(dá)數(shù)據(jù)，mRNA表達(dá)數(shù)據(jù)
需要提供對應(yīng)的miRNA，lncRNA/circRNA, mRNA的序列
樣本量不能少于6個

分析結(jié)果

·  miRNA_target
·  Correlation；
·  miRNA_target –filtered
·  ceRNA_score
·  ceRNA_score-filtered
·  ceRNA_network

Demo示例

Demo結(jié)果解讀

圖中展示了mRNA與lncRNA共同調(diào)控的miRNA，其中紅色點(diǎn)對應(yīng)mRNA，
綠色點(diǎn)對應(yīng)lncRNA，藍(lán)色點(diǎn)對應(yīng)miRNA，點(diǎn)的大小表示與周邊聯(lián)系的多少

案例展示
案例一  鑒別肺結(jié)核中circRNA的表達(dá)特征及構(gòu)建ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

研究背景
肺結(jié)核（PTB）是由結(jié)核桿菌引起的慢性疾病，對人類健康構(gòu)成嚴(yán)重威脅。circRNA被認(rèn)為在許多疾病的發(fā)病機(jī)理和發(fā)展過程中具有潛在的調(diào)控作用，然而，PTB中circRNA的表達(dá)模式和調(diào)控機(jī)理仍有待于研究。
研究內(nèi)容與結(jié)果
蘇州大學(xué)生物與基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)學(xué)院老師采集3例肺結(jié)核患者和3個正常人的全血樣品進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測序，篩選發(fā)現(xiàn)170個circRNA的表達(dá)量發(fā)生了顯著性變化。作者闡明了肺結(jié)核中circRNA的表達(dá)特征，GO和KEGG功能分析發(fā)現(xiàn)，一些免疫通路如MAPK信號傳導(dǎo)通路、癌癥中的內(nèi)吞作用通路出現(xiàn)富集。構(gòu)建了肺結(jié)核中circRNA的ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

技術(shù)路線

ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

參考文獻(xiàn)

Zhang X, Zhu M, Yang R, et al. Identification and comparison of novel circular RNAs with associated co-expression and competing endogenous RNA networks in pulmonary tuberculosis. Oncotarget.2017, 8(69):113571-113582. (IF: 5.168)

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